"Gadis Ajaib Illya Musim 3" terutamanya berkisar tentang Illya, seorang gadis biasa yang belajar di Akademi Suoqunhara, suatu hari bertemu dengan Kakitangan Ruby Kaleidoskop ajaib yang mendakwa dirinya sebagai peri semulajadi tiruan, dan memaksanya ke The Earth telah dijadikan kontrak. dan menjadi gadis ajaib Illya. Pada masa ini, dia adalah pemegang Ruby Star dan menjadi hamba kepada ahli silap mata Rin Tosaka, pemegang asal Staf Kaleidoskop Di bawah arahannya, dia terpaksa membantu memulihkan kad kelas.